Im Jahre 1993 wurde 'Nine Inch Nails'-Mastermind Trent Reznor auf die Band Marilyn Manson aufmerksam, bot ihr die Zusammenarbeit als Produzent an und nahm die Gruppe unter seinem Label 'Nothing Records' in Vertrag. Reznor produzierte mit Marilyn Manson die Alben "Portrait Of An American Family" (1994), "Smells Like Children" (1995) und "Antichrist Superstar" (1996) und wirkte bei den Songs "Lunchbox", "Deformography" und "Mister Superstar" selbst an der Gitarre mit. Aus dem Chaos von Hoch und Tiefs, von Erfolgen und Misserfolgen entwickelte sich zwischen den beiden eine Freundschaft, die jedoch nicht allzu lang währte. Manson, der sich als das Zugpferd von Reznors Label 'Nothing Records' fühlte, nahm das Projekt "Mechanical Animals" selbst in die Hand und legte das komplette Album erst nach Fertigstellung den neuen Produzenten Michael Beinhorn und Sean Beavan vor. Trent, der sich hintergangen fühlte, kehrte der Band um Marilyn Manson den Rücken und beide Seiten brachen den Kontakt ab. Manson verteidigte sich auf seine Weise: „Trent Reznor wollte alle Melodien unterdrücken und alles sehr rau klingen lassen. Ich dagegen wollte etwas neues tun. [...] Außerdem zeige das neue Album Marilyn Manson erstmals als Band“.

Das Verhältnis zwischen den beiden besserte sich nach nach 5 Jahren Missklang allmählich wieder. Bei einem Konzert der 'Nine Inch Nails' 2001 im Madison Square Garden gab es eine große Überraschung. „I bet you think this song is about you... don't you, don't you...“ sang Trent Reznor leise, als Marilyn Manson auf die Bühne kam und mit 'Nine Inch Nails' den Song "'Starfuckers, Inc." beendete und dazu noch "The Beautiful People" im Duett mit Trent zum Besten gab. Danach ging Manson unter tosendem Applaus von der Bühne.

Die Folge der „Wiederveinigung“ war, dass es sich Manson nicht nehmen ließ beim Video zum NIN-Song ''Starfuckers, Inc.'' Regie zu führen und dabei ein sehr exzentrisches Video hinzauberte.

Dem Lauf der bisherigen Geschichte ähnelnd brach der Kontakt aber genauso so schnell wieder ab, wie er gekommen war. Beide Musiker meiden es übereinander zu sprechen, nur selten hört man Statements wie das von Trent Reznor während eines Interviews im Jahr 2005: "Ich hab ihn [Manson] schon seit Jahren nicht mehr gesehen. Wir waren echt gute Freunde, aber er hat viel Kraft darin investiert, unsere Freundschaft zu zerstören. Mehr als ich es tat... Seit er so erfolgreich ist, quatscht er viel Scheisse. Wie auch immer, ich wünsche ihm jedenfalls nichts Schlechtes..."